Die Probiotikaforschung wurde am Fachbereich maßgeblich durch die DFG-Forschergruppe "Integrative Analyse der Wirkungsmechanismen von Probiotika beim Schwein" geprägt. Diese vom Institut für Tierernährung initiierte Forschergruppe (Sprecher: Univ.-Prof. Dr. Simon) nahm Ende 2001 ihre Arbeit auf. Sie bestand aus einem Verbund von Wissenschaftlern des o.g. Instituts sowie der Institute für Veterinär-Anatomie, für Veterinär-Physiologie, für Mikrobiologie und Tierseuchen, für Immunologie und Molekularbiologie und für Veterinär-Biochemie. Weiterhin beteiligt waren eine Arbeitsgruppe des Bundesinstituts für Risikobewertung (BfR - S2-Infektionsversuche am Schwein) und Mitarbeiter des Instituts für Molekularbiologie und Bioinformatik der Charité.
Ziel des Projektes war es, mittels modernster Analyseverfahren (Durchflusszytometrie, konfokale Laser-Mikroskopie, Mikro-Array-Screening-System) erstmals die mögliche Wirkung verschiedener Probiotika beim Schwein auf zellulärer Ebene zu erfassen.
Weiterführende Details und der komplette Ergebnisbericht zu dieser im Jahre 2009 abgeschlossenen DFG-Forschergruppe befinden sich auf der Forschergruppen-Homepage: http://www.dfg-for438.de/.

Aktuell wird an einer Weiterführung dieses Forschungsprofils im Hinblick auf die Mikrobiotawirkung beim Schwein gearbeitet. Im Rahmen eines bei der DFG in Begutachtung befindlichen Sonderforschungsbereichs (SFB) sollen verschiedene Arbeitsgruppen aus Berlin und Potsdam neue Aspekte diverser Futterkomponenten unter verschiedenen Gesichtspunkten beim Schwein erforschen.