Der Verdauungstrakt ist mit einer Vielzahl verschiedener Bakterienarten besiedelt. Die Wechselwirkungen zwischen Darmbakterien, Nahrung und Wirt sind vielfältig und unterliegen verschiedenen Einflüssen. Eine Forschungsrichtung des Instituts ist deshalb die Analyse der Zusammensetzung und Aktivität von Darmbakterien unter dem Einfluss verschiedener Diäten und Futterzusatzstoffen.

Molekularbiologische- und klassische mikrobiologische Methoden werden im Institut eingesetzt. Qualitative Methoden (Denaturierende Gradientengelelektrophorese) und quantitative Methoden der qPCR werden angewandt, um die bakterielle Zusammensetzung im Verdauungstrakt zu untersuchen. Hierzu gehört auch das "Next Generation Sequencing", mit dem die intestinale Mikrobiota im Detail untersucht werden kann.

Bakterien sind sehr vielseitige Organismen, die ihren Stoffwechsel oft in Abhängigkeit von ihrer Umwelt (Futter, Wirtsreaktion) anpassen, ohne dass sich ihre Menge verändert. Deshalb ist es wichtig, ihren Stoffwechsel in Form von Stoffwechselprodukten oder Nachweis von mRNA zu bestimmen. Metabolomische Ansätze und Analyse der wichtigsten Stoffwechselprodukte gehören deshalb ebenfalls zum Repertoire des Instituts.Insbesondere molekularbiologische Methoden dieser Art müssen ständig weiter entwickelt werden, damit wir das Zusammenspiel zwischen Bakterien, Futter und Wirt besser verstehen können.